Historia Archiwum Muzeum Narodowego w Krakowie nie rozpoczyna się w 1879 roku wraz z powstaniem instytucji, lecz prawie sto lat później.
Pierwsze informacje dotyczące miejsc składowania akt znajdujemy w protokole wizytacji przeprowadzonej przez Archiwum Państwowe w grudniu 1965 roku.
Czytamy w nim, że dokumenty rozdzielono, a podział przeprowadzony został ze względu na zakres tematyczny. Część akt dotycząca pozyskiwania zbiorów, kwerend, wypożyczeń muzealiów oraz ich ewidencja, przechowywana była w Biurze Inwentarzy (obecnie: Dział Głównego Inwentaryzatora). Natomiast powojenne akta administracyjne gromadzono w pomieszczeniach biurowych i pracowniach poszczególnych jednostek muzeum. Mającą wartość historyczną dokumentację finansowo-księgową, personalną, cześć technicznej oraz dotyczącą działalności Muzeum Narodowego do wybuchu II wojny światowej zgromadzono najpierw w jednym z pomieszczeń w Gmachu Głównym,a następnie przeniesiono do Pałacu Czapskich, tworząc zaczątek składnicy akt, nazwanej później Archiwum Administracji.
Ze względu na zbliżający się jubileusz stulecia utworzenia Muzeum Narodowego i konieczność wykorzystania dokumentów do opracowania jego historii zdecydowano o przeprowadzeniu akcji scalenia rozproszonego zasobu, uporządkowaniu go i objęciu ewidencją.
Postępując zgodnie z zaleceniem Archiwum Państwowego, 1 czerwca 1973 roku utworzono samodzielną komórkę organizacyjną pod nazwą Archiwum Historii Muzeum Narodowego w Krakowie, podporządkowaną bezpośrednio dyrektorowi. Archiwum uzyskało pomieszczenie w Gmachu Głównym przy alei 3 Maja 1, a funkcję kierownika powierzono Jadwidze Bezwińskiej.