W roku 1986 nieruchomość, zgodnie z wolą rodziny artysty, przekazana została Muzeum Narodowemu w Krakowie. W styczniu 1996 roku, po niezbędnych pracach remontowych i konserwatorskich, placówkę otwarto dla publiczności jako Dom Józefa Mehoffera, Oddział Muzeum Narodowego w Krakowie. Wnętrza urządzono w nawiązaniu do koncepcji artysty i dawnego ich klimatu, a nawet niektóre z nich wiernie odtworzono, co było możliwe dzięki darom i depozytom rodziny, uzupełnionym eksponatami ze zbiorów własnych Muzeum Narodowego w Krakowie. Placówka reprezentuje typ muzeum-domu artysty, ale ma też charakter muzeum wnętrz i w pewnej mierze muzeum sztuki. Na parterze znalazły się pomieszczenia reprezentacyjne domu, jak salon czy duża jadalnia, na piętrze zaś pokoje bardziej kameralne. Wypełniają je na ogół te same co niegdyś zabytkowe meble, żyrandole, makaty, zegary, książki oraz dzieła sztuki, w tym liczne prace artysty: witraże, obrazy olejne, projekty dekoracyjne, rysunki etc. Do najcenniejszych z nich należą: witraże Vita somnium breve; Caritas; Wiara, Nadzieja, Miłość; portrety żony – tzw. florencki, czy Na letnim mieszkaniu i innych osób – np. Zofii Minderowej (pt. Róża Saaronu); pejzaże Wisła pod Niepołomicami, Czerwona parasolka; projekty - Natura i Sztuka (na Pałac Sztuki w Krakowie) czy Kwiaty (motyw polichromii Skarbca katedry na Wawelu).