Księgozbiór Biblioteki tworzą książki i czasopisma kupowane, pozyskiwane z darów i w drodze wymiany z muzeów, bibliotek, uczelni artystycznych i stowarzyszeń polskich i zagranicznych (obecnie ok. 200) oraz druki XIX- i XX-wieczne z kolekcji bibliotecznych przekazywanych Muzeum od początku jego istnienia, przeważnie wraz z zespołami dzieł sztuki i innymi zabytkami.
Specjalistyczny zbiór zawiera encyklopedie, leksykony i słowniki ogólne i dziedzinowe, syntezy dziejów sztuki i kultury materialnej, monografie artystów i albumy. W liczącym ponad 30 tysięcy woluminów zasobie katalogów wystaw, zbiorów oraz aukcji znajduje się wiele ważnych i rzadkich publikacji. W części księgozbioru, pochodzącej głównie z zapisów testamentowych, znajdują się również książki z innych dziedzin, jak np. historii i historiografii, geografii i krajoznawstwa, literatury pięknej i pamiętnikarskiej. Świadczą one o wielostronnych zainteresowaniach pierwotnych właścicieli.
Należały one m.in. do: kolekcjonera, miłośnika sztuki japońskiej i propagatora modernizmu, publicysty - Feliksa Jasieńskiego, numizmatyków: Emeryka Hutten Czapskiego, Antoniego Ryszarda, Mariana Gumowskiego, antropologa Edwarda Goldsteina, inspektora budowlanego i historyka architektury - Wincentego Wdowiszewskiego, historyka i publicysty - Augusta Mosbacha, artystów - Stanisława Wyspiańskiego, Olgi Boznańskiej i Józefa Czapskiego, historyków sztuki - Władysława Janiszewskiego, Kazimierza Buczkowskiego, Heleny Blum i Marii Gutkowskiej-Rychlewskiej, historyka literatury, wydawcy dzieł zebranych S. Wyspiańskiego – Leona Płoszewskiego.
Biblioteka dysponuje także ponad 18 tysiącami woluminów czasopism polskich i zagranicznych.
Najbardziej atrakcyjna jest kolekcja czasopism z XIX i pierwszej połowy XX wieku. Podstawową grupę stanowią pisma naukowe i popularne poświęcone sztuce i rzemiosłu artystycznemu. Należą tu periodyki polskie - “Architekt”, “Arkady”, “Sztuka”, “Sztuki Piękne”, niemieckie – “Die christliche Kunst”, “Deutsche Kunst und Dekoration”, “Dekorative Kunst”, “Die Kunst”, “Pantheon” i francuskie – “Les Arts”, “L’Art et les Artistes”. O zjawiskach w sztuce przełomu XIX i XX wieku zaświadczają liczne pisma literacko-artystyczne m. in.: z polskich - “Chimera”, “Lamus”, “Maski”, “Miesięcznik Literacki i Artystyczny”, krakowskie “Życie”, niemieckojęzycznych – “Der Jugend”, “Ver Sacrum”, angielskich – “The Studio”, rosyjskich – “Mir Iskusstva”. Zespół ten uzupełniają, w wielu wypadkach kompletne, czasopisma literacko-naukowe jak “Biblioteka Warszawska”, bogato ilustrowane tygodniki: “Bluszcz”, “Ilustracja Polska”, “Kłosy”, “Świat”, “Tygodnik Ilustrowany”, “Życie i Sztuka” oraz satyryczne: “Diabeł”, “Liberum Veto”, “Simplicissimus”. Znaczący jest także zbiór czasopism numizmatycznych (głównie z kolekcji E. Hutten Czapskiego). Natomiast w latach 90-tych XX wieku zbiór został wzbogacony o komplet paryskiej “Kultury” (z biblioteki J. i M. Czapskich).
Wśród ponad 150 tytułów czasopism bieżących, w większości pochodzących z wymiany, znajdują się m.in. publikowane przez muzea polskie i zagraniczne biuletyny, roczniki i sprawozdania z działalności, periodyki naukowe o sztuce, czasopisma numizmatyczne i poświęcone historii wojskowości.